El CD Badajoz comenzó el año 2020 con el sueño de la Copa tras derrotar a Las Palmas (2-1) y pasar a dieciseisavos, donde los blanquinegros se impusieron en el Nuevo Vivero ante el Eibar por 3-1. A pesar de caer en octavos ante el Granada por 2-3, el equipo hizo historia con una afición volcada con su club pese a la derrota.
La destitución de Mehdi Nafti llegó tras caer ante el Algeciras, detonante que causó la decisión del club de buscar un nuevo relevo en el banquillo. El entrenador franco-tunecino que dejó al Badajoz en cuarta posición a cinco puntos del líder, fue sustituido por Pedro Munitis.
Munitis consiguió tres de cinco victorias ligueras, la última ante el UCAM Murcia en la jornada 28 antes de la suspensión de la competición tras el confinamiento. Los blanquinegros finalizaron la temporada en tercera posición a falta de diez jornadas y comenzaron el tramo más atípico del año con la llegada del COVID-19.
Los jugadores continuaron los entrenamientos en sus respectivas casas, y tras la llegada de «la nueva normalidad», se trasladaron las sesiones al Nuevo Vivero con todas las medidas de seguridad. Tras la cancelación de todo el fútbol federativo, el Badajoz comenzó su preparación para el nuevo modelo de «playoff exprés» tras el comunicado de la RFEF.
El conjunto pacense pasó a semifinales en los penaltis tras medirse ante el Bilbao Athletic en la primera ronda de fase de ascenso a LaLiga Smartbank. Su siguiente rival fue el FC Barcelona ‘B’, rival con el que no tuvieron tanta suerte tras caer eliminados en los penaltis.
Con la mirada puesta en la temporada 20/21, el club reforzó su plantilla con fichajes como Alayeto, Tomás Sánchez, Otegui, Forgas, Dani Fernández, etc. Además, Pedro Munitis fue sustituido a falta de una semana para comenzar la liga tras los malos resultados en los partidos de pretemporada.
Con la llegada de Fernando Estévez como nuevo entrenador blanquinegro, el Badajoz consiguió una espectacular racha de hasta seis victorias consecutivas que acabó tras la derrota en el último partido de liga del 2020 ante el Mérida. A pesar de la derrota, el Badajoz continua líder con la mirada puesta en el sueño del ascenso a la categoría de plata del fútbol español.
El conjunto pacense cerró el año tras caer en la primera ronda de Copa del Rey ante el Navalcarnero. Los de Fernando Estévez regresaron a los entrenamientos para preparar el encuentro ante el Melilla que se disputará el 10 de enero en el Nuevo Vivero.